扁桃体是咽部最大的淋巴组织。在儿童时期，它是个活跃的免疫器官，含有各个发育阶段的淋巴细胞，如T细胞、B细胞、吞噬细胞等。所以它既具有体液免疫作用，产生各种免疫球蛋白，也有一定的细胞免疫作用。
扁桃体产生的免疫球蛋白IgA免疫力很强，可抑制细菌对呼吸道黏膜的粘附，并可抑制细菌的生长和扩散，对病毒也有中和与抑制作用。
IgA还可通过补体的活化，增强吞噬细胞的功能。这些在两岁至五岁时表现最为活跃。
从免疫的观点来看，由于其对身体的免疫作用
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